抽腦脊液雖然是一種有創的檢查方式，但是不會產生什么后遺癥。腦脊液穿刺一般是在腰3~4間隙之間穿刺，不會造成中樞神經系統的損傷。只是有一部分患者對于疼痛的耐受性比較差，抽了腦脊液之后1~2天可能局部會存在疼痛不適，可是不用特殊處理，可以自然緩解。
小部分患者會有感染的風險，但是幾率非常低，因為腦脊液穿刺是在無菌的狀態下進行，感染可能與自身免疫力低下、護理不當有關系。做腦脊液穿刺時要盡量配合醫生操作，擺好體位，穿刺完畢去枕平臥位6小時，局部避免受潮，絕大多數人對身體沒有影響。
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